MBR膜的清洗有物理清洗、化學清洗、超聲波清洗與電清洗等。物理清洗是用機械力從膜面上或膜孔內去除污染物。包括多種方法,如正方向沖洗、變方向清洗、透過液反壓沖洗、振動、排氣沖水法、空氣噴射、自動海綿球清洗、水力方法、氣-液脈沖和循環洗滌等。當膜面附著的污泥層對膜過濾造成很大影響時,空曝氣的效果也比較顯著。對于孔堵塞和形成凝膠層的膜采用化學清洗是最有效的方法。經過多年的實踐證明,酸或堿的化學清洗可以減弱顆粒或濾餅在膜面或膜孔內的黏附,增加濾餅的滲透性,但不能有效地去除膜上的顆粒或濾餅。由于化學清洗會使反應器內生物失活,造成二次污染,在實際工程的運用中非常不便,因此最好能夠避免化學清洗。超聲波清洗是通過超聲波脈沖產生的高能量破壞膜表面和吸附物質的鏈接,松散膜面上的顆粒,從而去除膜表面的沉積層。研究了超聲波在膜污染監測和清洗上的應用,運用時域反射計通過反射波的波幅高低來反映膜污染的類型和大小。